MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Listeria monocytogenes strain J1776 plasmid

Total Repeats: 204

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_022046	TAA	3	9	18	26	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_022046	CAA	2	6	111	116	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_022046	ATG	2	6	133	138	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4	NC_022046	T	6	6	320	325	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_022046	TCC	2	6	651	656	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
6	NC_022046	GAT	2	6	1649	1654	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
7	NC_022046	A	7	7	1668	1674	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_022046	T	6	6	1677	1682	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_022046	ATC	2	6	1735	1740	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_022046	CTA	2	6	1745	1750	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_022046	TAG	2	6	1766	1771	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
12	NC_022046	ATTT	3	12	1780	1791	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_022046	AAC	2	6	1811	1816	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_022046	TTCT	2	8	1842	1849	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
15	NC_022046	GATA	2	8	1874	1881	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
16	NC_022046	GTT	2	6	1893	1898	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
17	NC_022046	T	7	7	1915	1921	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_022046	TGT	2	6	1928	1933	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
19	NC_022046	GACT	2	8	1947	1954	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
20	NC_022046	A	6	6	2018	2023	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_022046	AGA	2	6	2063	2068	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
22	NC_022046	A	6	6	2101	2106	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_022046	CT	3	6	2165	2170	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
24	NC_022046	GAGG	2	8	2208	2215	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
25	NC_022046	CTAC	2	8	2263	2270	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
26	NC_022046	A	7	7	2299	2305	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_022046	A	6	6	2314	2319	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_022046	CAA	2	6	3575	3580	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_022046	AT	3	6	3599	3604	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_022046	T	7	7	3640	3646	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_022046	TCAAT	2	10	3699	3708	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
32	NC_022046	AAG	2	6	3732	3737	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
33	NC_022046	TTC	2	6	4468	4473	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_022046	AAT	2	6	4486	4491	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_022046	TAAA	2	8	4496	4503	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_022046	T	6	6	5013	5018	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_022046	GAT	2	6	5032	5037	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
38	NC_022046	TTATT	2	10	5460	5469	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_022046	TAT	2	6	5484	5489	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_022046	TAA	2	6	5525	5530	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_022046	A	7	7	5589	5595	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_022046	AAG	2	6	5613	5618	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
43	NC_022046	CTT	2	6	5637	5642	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_022046	TGT	2	6	5648	5653	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
45	NC_022046	TGTT	2	8	8152	8159	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
46	NC_022046	TAT	2	6	8166	8171	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_022046	CATC	2	8	8179	8186	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
48	NC_022046	CTT	2	6	8239	8244	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_022046	TAA	2	6	8273	8278	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_022046	ATA	2	6	8315	8320	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_022046	TAA	2	6	8326	8331	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_022046	CA	3	6	9032	9037	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
53	NC_022046	GTTT	2	8	9060	9067	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
54	NC_022046	AT	3	6	9122	9127	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_022046	AAT	2	6	9130	9135	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_022046	AGG	2	6	9147	9152	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
57	NC_022046	CTA	2	6	11963	11968	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_022046	CAT	2	6	12034	12039	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_022046	A	6	6	12046	12051	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_022046	AT	3	6	13035	13040	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_022046	T	6	6	13054	13059	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_022046	TC	3	6	13061	13066	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
63	NC_022046	AC	3	6	13233	13238	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
64	NC_022046	TTC	2	6	13242	13247	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_022046	TAGTA	2	10	13321	13330	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
66	NC_022046	TAAT	2	8	13370	13377	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_022046	TAAA	2	8	13384	13391	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_022046	AT	3	6	14671	14676	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_022046	TA	3	6	14686	14691	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_022046	TA	3	6	14706	14711	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_022046	CTT	2	6	14714	14719	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_022046	CTAA	2	8	14773	14780	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
73	NC_022046	TA	3	6	14818	14823	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_022046	GA	3	6	14962	14967	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
75	NC_022046	GGC	2	6	15819	15824	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_022046	CTT	2	6	15828	15833	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_022046	TAGT	2	8	17346	17353	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
78	NC_022046	AATC	2	8	17367	17374	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
79	NC_022046	T	9	9	17394	17402	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_022046	AAT	2	6	17406	17411	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_022046	A	6	6	17424	17429	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_022046	A	6	6	17443	17448	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_022046	GAA	2	6	17452	17457	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
84	NC_022046	GAAC	2	8	17467	17474	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
85	NC_022046	TC	3	6	17502	17507	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
86	NC_022046	T	6	6	17508	17513	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_022046	TTTG	2	8	17540	17547	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
88	NC_022046	TTG	2	6	17580	17585	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
89	NC_022046	GAG	2	6	17586	17591	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
90	NC_022046	TC	3	6	20513	20518	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
91	NC_022046	CCT	2	6	20520	20525	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
92	NC_022046	AT	3	6	20529	20534	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_022046	TAA	2	6	20538	20543	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_022046	ATA	2	6	20583	20588	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_022046	A	6	6	20615	20620	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_022046	TA	3	6	20638	20643	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_022046	ATT	2	6	20645	20650	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_022046	GTA	2	6	20652	20657	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
99	NC_022046	AATT	2	8	20681	20688	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_022046	AT	3	6	20729	20734	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_022046	A	7	7	20739	20745	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_022046	AT	3	6	20761	20766	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_022046	TA	4	8	20800	20807	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_022046	TA	3	6	20850	20855	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_022046	A	7	7	21036	21042	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_022046	AATT	2	8	22953	22960	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_022046	ACC	2	6	23154	23159	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
108	NC_022046	GAA	2	6	26399	26404	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
109	NC_022046	CAAG	2	8	26507	26514	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
110	NC_022046	ATTA	2	8	26525	26532	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_022046	ATAA	2	8	26540	26547	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_022046	TTA	2	6	26611	26616	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_022046	ACC	2	6	28141	28146	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
114	NC_022046	ACC	2	6	28175	28180	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
115	NC_022046	GTAA	2	8	28181	28188	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
116	NC_022046	ACC	2	6	28210	28215	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
117	NC_022046	ATT	2	6	28361	28366	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_022046	T	6	6	28394	28399	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_022046	TTC	2	6	28427	28432	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_022046	AGG	2	6	30896	30901	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
121	NC_022046	GAG	2	6	31693	31698	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
122	NC_022046	T	7	7	31699	31705	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_022046	AAT	2	6	31710	31715	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_022046	T	8	8	31749	31756	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_022046	G	7	7	32341	32347	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
126	NC_022046	TTTA	2	8	32703	32710	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_022046	AAAAG	2	10	32738	32747	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
128	NC_022046	A	6	6	32765	32770	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_022046	AAATA	2	10	32795	32804	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_022046	TAT	2	6	32809	32814	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_022046	TAC	2	6	34881	34886	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_022046	TCAA	2	8	39784	39791	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
133	NC_022046	TCC	2	6	41191	41196	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
134	NC_022046	A	7	7	41199	41205	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_022046	ACC	2	6	41228	41233	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
136	NC_022046	TCA	2	6	41253	41258	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
137	NC_022046	ATTG	2	8	41293	41300	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
138	NC_022046	TA	3	6	41308	41313	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_022046	ACAAA	2	10	41354	41363	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
140	NC_022046	TAA	2	6	41375	41380	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_022046	TAT	2	6	41454	41459	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_022046	ATT	2	6	41489	41494	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_022046	CTTT	2	8	41495	41502	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
144	NC_022046	TGTCAG	2	12	41631	41642	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
145	NC_022046	ATA	2	6	41657	41662	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_022046	A	7	7	41683	41689	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_022046	T	6	6	41714	41719	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_022046	ACT	2	6	41725	41730	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
149	NC_022046	T	7	7	41740	41746	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_022046	CTTTT	2	10	41758	41767	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
151	NC_022046	GTA	2	6	41778	41783	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
152	NC_022046	ATA	2	6	41843	41848	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_022046	TTGA	2	8	41859	41866	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
154	NC_022046	TA	3	6	41884	41889	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
155	NC_022046	CTT	2	6	41928	41933	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
156	NC_022046	T	7	7	41975	41981	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
157	NC_022046	AGT	2	6	41986	41991	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
158	NC_022046	ATT	2	6	42214	42219	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
159	NC_022046	GAA	2	6	42232	42237	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
160	NC_022046	GAG	2	6	42245	42250	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
161	NC_022046	CTT	2	6	42968	42973	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
162	NC_022046	TTA	2	6	43008	43013	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
163	NC_022046	TAA	2	6	43021	43026	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
164	NC_022046	ATA	2	6	43027	43032	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
165	NC_022046	TACATT	2	12	43040	43051	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
166	NC_022046	TAA	2	6	43081	43086	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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168	NC_022046	TTA	2	6	43165	43170	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
169	NC_022046	TAA	2	6	43195	43200	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
170	NC_022046	AAG	2	6	44512	44517	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
171	NC_022046	TCTT	2	8	44577	44584	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
172	NC_022046	T	8	8	44583	44590	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
173	NC_022046	AAG	2	6	44649	44654	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
174	NC_022046	ATC	2	6	44658	44663	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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176	NC_022046	GAA	2	6	44706	44711	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
177	NC_022046	TTC	2	6	46295	46300	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
178	NC_022046	CCT	2	6	46301	46306	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
179	NC_022046	TAT	2	6	46338	46343	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
180	NC_022046	T	7	7	46399	46405	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
181	NC_022046	AGG	2	6	47072	47077	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
182	NC_022046	AAG	2	6	49467	49472	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
183	NC_022046	GAT	2	6	49473	49478	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
184	NC_022046	AGG	2	6	51559	51564	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
185	NC_022046	ATTA	2	8	51785	51792	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
186	NC_022046	AGG	2	6	51794	51799	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
187	NC_022046	TA	3	6	52400	52405	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
188	NC_022046	TAA	2	6	52468	52473	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
189	NC_022046	TGA	2	6	52478	52483	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
190	NC_022046	AAATC	2	10	52492	52501	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
191	NC_022046	GAAC	2	8	52509	52516	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
192	NC_022046	AG	3	6	52562	52567	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
193	NC_022046	T	6	6	53088	53093	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
194	NC_022046	TCA	2	6	53397	53402	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
195	NC_022046	GAT	2	6	53437	53442	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
196	NC_022046	GTTTT	2	10	53918	53927	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
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201	NC_022046	A	7	7	53980	53986	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
202	NC_022046	CCA	2	6	54013	54018	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
203	NC_022046	ACT	2	6	54049	54054	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
204	NC_022046	TAT	2	6	54137	54142	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.